Bangun Mulya atau beberapa orang menyebutnya “Bangun Mulyo” adalah merupakan Desa exs-transmigrasi. Masyarakat Desa Bangun Mulya secara historis merupakan komunitas masyarakat transmigran yang tergabung dalam Program Transmigrasi Tahun 1962 yang berasal dari beberapa wilayah kabupaten di Pulau Jawa, baik Jawa Timur (Kediri, Malang, Trenggalek, dan sekitarnya), Jawa Tengah (Yogyakarta, Kudus, Banyumas, dan sekitarnya) dan Jawa Barat (Indramayu dan sekitarnya). Dimana program transmigrasi tersebut dilaksanakan dibawah masa pemerintahan Ir. Soekarno.

Berdasarkan penelusuran informasi yang dikumpulkan dari beberapa sumber, masyarakat yang tergabung dalam Program Transmigrasi tersebut diberangkatkan dari Pulau Jawa melalui Pelabuhan Tanjung Perak Surabaya pada Tahun 1962. Di Surabaya, sebelum diberangkatkan menuju daerah penempatan yaitu Kalimantan Timur, rombongan transmigran tersebut ditampung di dalam barak penampungan di daerah Wonocolo Waru. Setelah ± 3 (tiga) bulan hidup bersama dalam barak penampungan, akhirnya rombongan transmigran ini diberangkatkan ke Kalimantan Timur melalui perjalanan laut dari Pelabuhan Tanjung Perak Surabaya Jawa Timur menuju Pelabuhan Semayang Balikpapan Kalimantan Timur. Perjalanan laut ditempuh selama 5 (lima) hari.

Sesampainya di Balikpapan, sambil menunggu persiapan lokasi daerah penempatan, para transmigran tersebut ditampung di daerah Gunung Pasir selama ± 3 (tiga) bulan. Dari Balikpapan, selanjutnya para transmigran kembali menempuh perjalanan laut menuju Balikpapan Seberang, tepatnya di wilayah Kabupaten Pasir Tanah Grogot.

Berdasarkan penelusuran informasi yang dikumpulkan dari beberapa sumber, berhubung rumah tinggal beserta areal lahan transmigrasi pada saat itu masih belum siap huni, maka mereka kembali ditampung untuk sementara di dalam barak penampungan yang pada saat itu belum mempunyai nama. Guna memudahkan identifikasi, barak penampungan ini pada akhirnya secara kolektif sepakat diberi nama Barak Penampungan Waru. Kuat dugaan nama tersebut diadopsi dari nama barak penampungan awal mereka di Wonocolo Waru Surabaya. Lokasi barak penampungan tersebut saat ini terletak di sekitar depan Kantor Kecamatan Waru sekarang.

Dengan semangat juang yang tinggi untuk memperoleh kehidupan yang lebih baik, para transmigran bergotong royong membangun rumah tinggal secara bergantian di areal lahan pembagian masing-masing, yang wilayahnya tersebar di daerah Cendana, Mata Air dan diatas Gunung sekarang. Dalam perkembangan selanjutnya, wilayah transmigrasi tersebut pada akhirnya berkembang menjadi sebuah komunitas penduduk yang secara kolektif diberi nama wilayah Bangun Mulyo. Secara administratif, wilayah tersebut tercatat sebagai wilayah Lingkungan II Kelurahan Waru Kecamatan Waru Kabupaten Pasir yang dipimpin oleh seorang Kepala Dusun atau Kepala Lingkungan.

Sekitar tahun 1996/1997, pada saat masih tergabung dalam Pemerintahan Kabupaten Pasir, beberapa tokoh masyarakat menggagas pemekaran Kelurahan Waru, yakni wilayah Lingkungan II Kelurahan Waru menjadi desa yang berdiri sendiri, yaitu Desa Bangun Mulyo. Namun disebabkan oleh banyaknya keterbatasan dalam proses sosialisasi dan kemampuan Sumber Daya Manusia yang ada pada saat itu, gagasan pemekaran desa tidak pernah terwujud.

Pada kurun waktu sekitar Tahun 2000, muncul wacana pembentukan Tim Pemekaran Kabupaten. Singkat cerita, pada tahun 2002 Kabupaten Penajam Paser Utara resmi terbentuk. Terbentuknya Kabupaten Penajam Paser Utara pada akhirnya membawa dampak positif dan membuka kesempatan partisipasi masyarakat  yang lebih luas, terutama dalam hal pemerataan pembangunan wilayah dan  pelayanan kepada masyarakat.  Dampak dari semangat Tim Pemekaran Kabupaten Penajam Paser Utara tersebut, pada akhirnya juga berimbas pada komunitas masyarakat yang lebih kecil.

Dengan diprakarsai oleh kelompok pemuda yang tergabung dalam kelompok Bangun Mulyo Putra (BMP) pada saat itu dan para tokoh masyarakat lainnya, maka mulailah diselenggarakan musyawarah-musyawarah dan diskusi-diskusi yang pada akhirnya disepakatilah pembentukan Panitia Penggagas Pemekaran Kelurahan Waru. Sejak saat itu, Panitia Penggagas Pemekaran Kelurahan Waru melakukan komunikasi dengan berbagai pihak, baik masyarakat, pemerintah dan DPRD guna melakukan percepatan proses pemekaran Kelurahan Waru.

         Setelah melalui proses yang panjang, wilayah Bangun Mulyo secara resmi dibentuk sebagai Desa baru pada bulan April Tahun 2010 melalui Peraturan Daerah Kabupaten Penajam Paser Utara Nomor 4 Tahun 2010 tentang Pembentukan Desa Bangun Mulya.